从机械主义、物理主义到物理-化学主义，一脉相承，实际上都属于同一个哲学阵营：还原主义。它相信，某一层次的现象都可以通过分析低一级的各个组分的性质和相互作用而得到解释。这是现代科学的通用方法：用物理作用解释化学现象，用化学作用解释生命现象，用生物作用解释心理现象，用心理作用解释社会现象。活力主义所试图对抗的，正是这种还原主义。在活力主义消亡之后，又出现了整体主义或集体主义对抗还原主义。

整体主义认为，整体大于部分的和，当各个组分有机地组合在一起形成整体时就出现了新的性质，而这种性质无法通过分析各个组分的性质和相互反应推导出来。因此，生物体作为一个整体时，就存在不可能用物理、化学作用来解释的新现象。

生物学的发展史已一再告诉我们，许许多多曾经被认为无法还原、分析的整体现象，以后都一一被还原、分析。（方舟子.寻找生命的逻辑——生物学观念的发展[M].上海交通大学出版社，2005：146-148.）

整体主义否认用还原分析的方法足以解释生命现象，一个常见的批评是，要研究组成有机体的分子，就要杀死有机体和细胞，在体外加以研究。任何体外研究都是在破坏了整体结构的状态下进行的，都无法完全重复和反映活有机体的状况。因此想从分子水平上充分理解生命现象是不可能的。其实这是对还原的偏见，拆解是还原，抽象对比也是还原。还原的研究往往是通过对比进行的。例如要研究某种微量元素对人体的影响，不是把这种微量元素与人体分开研究，而是通过对比，看人体中微量元素很少和很多时人体的整体机能有什么变化。

整体主义这种偏见产生的原因关键是没有正确理解什么是还原。整体主义者认为还原是把物体或系统拆开，然后每一部分的性质相加得到整体的性质。整体主义反对的是这种机械的累加。他们认为各部分之间的关系是更重要的，同样的成分经过不同的组合可以得到不同的功能。整体主义的这种认识当然是对的，但整体主义用这种认识来反对还原主义就错了。还原主义并不只把质料当成物体和系统的组成部分，同样也把关系当成系统的组成部分。整体不是质料的和，整体是质料与关系的和，或者说整体是质料与结构的和。

整体性不是生物的专利，但是为什么生物能具有特殊的“整体性”呢？原因还是生物的特有结构使生物具有自复制的功能，自复制引起生物的数量呈指数增长，并由此导致结构复杂化和有序化，结构的复杂和有序导致整体性的产生。生命的本质是复杂结构系统的幸存，而复杂系统能够幸存的主要原因是自复制。

人在行为之前需要预测，人的认识是为行为决策服务的，是为了预测。还原是把未知事物还原成已知事物，以便预测，所以对抗还原主义就是对抗实践。

定理：还原主义是人认识自然和社会必需的科学方法。

从事每一项具体的科学分析研究都意味着违背整体主义，相信整体主义就等于放弃科学研究。整体主义反对还原主义实际等于在反对科学，宣扬神秘主义。否定了还原主义，人就没法思考了。如果整体主义认为整体等于质料加关系，那么整体主义就等于还原主义。它们反对旧还原主义是对的，而反对新的还原主义就是反自己。

当整体主义在20世纪20年代由史末资（Jan Christian Smuts,1870～1950）首次提出来代替活力主义的时候，只是作为一种形而上学的观念出现的，并不具有科学意义。奥地利生物学家贝塔朗菲（Ludwig von Bertalanffy,1901～1972）在20世纪40年代创立一般系统论，代表着试图将整体主义改造成科学工具的最初努力。近年来开始崭露头角的盖娅假说（The Gaia Hypothesis），则是反抗还原主义的最新的几近绝望的挣扎。（方舟子.寻找生命的逻辑——生物学观念的发展[M].上海交通大学出版社,2005:148.）

科学的还原主义应该把复杂系统还原为质料和结构，即应该树立结构决定功能的思想。结构决定功能的思想是系统理论的核心思想，系统理论正是在传统的还原主义出现危机的背景下应运而生的。结构决定功能的思想与传统的还原主义结合就可以形成新的正确的还原主义。生物起源与进化上的目的论也是一种不符合还原主义的错误思想，要根除这种目的论，必须彻底贯彻幸存的思想。