现代科学发展迅速，学科众多，但在总体分类上一直存在严重问题。科学的各种学科按研究对象可以分为两大类，第一类是以世界中的某一类事物为研究对象的学科，第二类是以世界中的全部事物为研究对象的学科。第二类学科包括哲学、世界观和方法论。方法论包括数学、几何、逻辑学和系统学。现在的学科分类没有把这几门学科作为方法论单独归类是不合适的。这几门学科因为内容丰富，已经从哲学当中分离出来了，但它们的发展经常与哲学密切相关，尤其是系统学和逻辑学。

与数学、几何和逻辑学相比，系统学与世界观的关系最密切。系统学不应该是物理学的一部分，因为系统学研究所有对象，包括非生物、生物和人类社会的所有系统。而物理学只研究非生物，不研究生物和人类社会，而且还不研究非生物的分子变化，即化学。在一个斜面上，非生物向下滑，老鼠向上爬，物理学家的办法是把老鼠打蒙（抽象掉它的生物属性），只研究它作为一个非生物的属性。

系统学和物理学、化学等学科都是还原论，在这一点上没有区别。所有的科学分析都是还原。物质系统有很多方面的共性，在质料上的共性和在结构上的共性都是物质系统的共性。物理、化学等学科注重质料方面的共性，对结构方面的共性分析不足。系统学则注重对结构共性的分析。同时，所有的物质系统都是由基本粒子构成的，因此从质料上看所有的物质系统都是相同的，只有结构不同。过去还原论出现的问题都是因为对结构分析不足，没有找到某些重要的结构共性。结构主义系统论将成为系统学发展完善的中坚力量，它针对系统学中长期存在的关键问题提出了解决方案。

信息有时指符号，有时指物质的结构，有时指头脑中的认识。当信息指物质结构时，信息论可以是系统学的组成部分，但应该直接说“结构”，不要说“信息”，以免误解。符号及其传播的理论是物理学和逻辑学的组成部分，不是系统学的组成部分。符号本身是非生物，但生物学和社会广义进化都需要符号，而且符号传播是文化的本质，不过这并不意味着信息论属于社会学的范围，只是一种应用而已。任何一门学科都会应用其他学科的结论，只要不修改这个结论，那么这个结论就不属于这个学科。信息论的结论可以在生物和社会研究中应有，但没有任何修正。

逻辑学包括形式逻辑和辩证逻辑。形式逻辑已经很发达，但辩证逻辑的研究一直处于停滞状态。这种停滞其实是本体论的停滞造成的。物质与意识是辩证统一的关系，物质与意识的关系包括抽象与具体的辩证关系。除了这两个辩证关系之外，过去辩证法提到的其他辩证关系大多可以转化为形式逻辑关系。辩证二元主义是打破辩证逻辑停滞状态的关键。

意识是物质的一部分，所以心理学和逻辑学只研究世界中的一部分对象。但因为我们研究的一切事物都是人的意识，因此也可以说逻辑学是以一切事物为研究对象的，心理学也具有哲学和方法论的性质。

    另外需要说明的是管理学。管理是对社会组织的控制，控制方法包括计划、组织、指挥、协调和激励。所以管理学应该是规范理论，但实际上现在的管理学包括了社会组织发展规律的实证理论。应该把这些实证的部分从管理学中分离出来，称为社会组织学。社会组织学研究的对象是所有的社会组织，包括家庭、企业、政府、军队和文化、体育、医疗、教育等社会组织，而不仅限于研究经济组织。研究内容是所有组织的形成、发展和运动规律，而不是研究如何管理。