世界的进化就是世界的复杂有序化，所以要研究进化的问题首先要理解什么是有序。“序”这个概念有两种含义，第一种含义：序就是结构；第二种含义：序是有序的简称。
那么，什么叫有序？评价有序与无序的标准是什么呢？负熵可以表征复杂的程度，但不能表征有序的程度，现在几乎所有大学数学和物理学教材上都说熵是表征物体内部混乱程度的参数，或者说表征一件事情发生的不确定性。这种解释是完全错误的。熵是表征系统复杂程度的参数，而不是表征系统有序或混乱程度的参数。复杂和简单是一对儿概念，有序和混乱（或无序）是一对儿概念。而复杂和有序是完全不同的，风马牛不相及。不是说它们没有关系，而是说它们的含义完全不同，千万不要把它们混淆起来。
过去提出的一些序参量（例如铁磁体的序参量）不能作为普遍适用的序参量。什么才是普遍适用的序参量？对于这个问题过去的自组织理论始终没有给出一个明确的答案，序参量（或有序度）应该是系统功能的总价值。只有当新结构出现时系统的有序度才能增大，但不是所有的新结构都能导致有序度增大，只有当某种新结构能带来新功能时，才意味着有序度增大，所以序参量应该随新功能的增加而增大。
定义：有序化是指系统功能的增加，有序是系统功能较多的状态。
例如，导线、电池和灯泡有序地连接起来就产生了新功能——使灯泡发光，如果散乱地放在一起就没有这种功能。鸟的有序结构使它产生了飞翔这种爬行动物所没有的新功能，而它的身体的有序结构来自于它的DNA的有序结构。
新功能的增加量是相对值，序参量应该是绝对值，所以序参量应该以增加之后的系统功能总量为度量依据。各种功能之间有质的差别，无法相加，只有这些功能的价值可以相加。
定义：有序度是系统功能的总价值。
生物当中，只有有序的结构才能生存，无序的结构必遭淘汰。判断一种生物功能具有多大价值，主要看这种功能产生前后，生物适应环境的能力有多大变化（有序与适应性的关系、有序与复杂性的关系参见：看懂世界网站taijievolutionism.cn/专题论文/5广义进化/5.2广义进化的定义）。
那么非生物功能的价值如何评定呢？任何事物的价值最终都是由人决定的，非生物功能的价值要依据这种功能与人的利益和由人的利益派生出的物质的利益之间的关系大小来判断。例如宇宙的产生是有意义的，非生物的复杂化是有意义的，地球的形成、大气的形成是有意义的，垃圾和污染是无意义的或有负面意义的等等，这些意义都是由人的利益派生出的物质的利益。对人有利的非生物功能有价值，对这些派生的物质利益有益的非生物功能也有价值。
理论包括实证理论和规范理论。过去人们总认为实证理论应该是客观的，与人的利益无关，但事实上，实证理论不可能完全客观。价值观是一切理论的基础，任何理论都首先是为人服务的。
历史学家经常比较不同朝代、不同文明的文明程度，但很难明确提出文明进步的标准。社会文明的标准应该主要指这个社会系统的复杂程度、稳定程度和功能大小。生产力是社会系统的功能之一，生产力不仅指物质产品的生产能力，还包括精神产品的生产能力。战乱年代各种社会组织瘫痪，社会结构简单化，功能下降。和平盛世，百业俱兴，各种社会组织纷纷建立，八仙过海，各显神通，社会生产力提高。建立和谐的社会秩序，就是为了提高社会的有序度，增强社会的功能。
有序度的标准是功能多少，功能有两种：物质领域的功能和意识领域的功能。所谓意识领域的功能是指某个系统具有可以改变意识的功能。人的意识包括思想和情绪。诗歌使人愉悦，理论使人感悟，污言秽语使人愤怒，这些都是改变意识。很多系统既有物质领域的功能又有意识领域的功能，例如建筑既能遮风挡雨，又能带来美感。人类产生以前，序参量是以物质系统的生存为标准的，人类产生以后，序参量就不只是以各种物质系统自身的生存为标准，还要以人的利益为标准。当人有了意识以后，人的需要变成了生活的目的，所以序参量的标准就变成了满足人的需要。例如把书摆放整齐对于这些书自身的生存没有任何影响，但对人有利，使人取用方便，心情舒畅，所以把书摆放整齐就意味着有序度增大。
我们一直在谈论系统，但一直没有给系统下一个确切的定义，因为系统的定义必须以有序的定义为基础。系统一定包括多个部分，但不是这些部分的简单集合，只有当这个集合的有序度增大之后才形成系统。
定义：系统是指若干元素的有序集合。整体就是系统。系统化是指系统的有序化。
我们可以随意划分整体和部分，可以把一个人当成一个整体，也可以把两个人当成整体，甚至把两个半人当成一个整体。但随意划定的整体往往是没有意义和价值的。那么什么样的整体有意义呢？整体和部分是结构的差别，结构可以决定功能，我们关心整体主要是因为它决定功能。我们划定的整体一定具有某些功能，如果整体界线的改变不会引起整体功能的增加，那么这种界线的改变就没有意义。
贝塔朗菲说：“系统是相互作用的多个元素的复合体”。这样说不准确，钱学森的说法比较准确：“系统是由相互制约的各部分组成的具有特定功能的整体，具有特定功能是系统的本质特性。”