胡塞尔说的“纯本质科学”是指数学、几何学这样的与具体事物较远的抽象学科。这些学科所研究的对象不是具体的事物，而是抽象的对象，例如：数字、逻辑关系、点、线、面、体等。这些抽象的对象其实都是意识创造的，并可以与多个具体事物对应，所以是多个具体事物的共性。

胡塞尔说：纯粹本质科学“在每一思想阶段上它们都摆脱了各种事实认定。”（[德]胡塞尔.纯粹现象学通论[M].李幼蒸译.北京:商务印书馆,2009:67.）这话当然是不对的。人们在研究这些“纯本质科学”的时候，可以暂时脱离具体事物，研究抽象事物的相互关系，但这种脱离只能是暂时的。从根本上说，它们是不能脱离具体事物的，它们都来自社会实践，数学和几何课本上都有很多应用题。

胡塞尔认为，这些纯本质的运作方式首先要“通过纯演绎程序从这类‘公理的’事态中推出事态。”（[德]胡塞尔.纯粹现象学通论[M].李幼蒸译.北京:商务印书馆,2009:68.）那么公理从哪里来呢？胡塞尔有时说：“本质直观由诸多的个别直观转化而来。”（[德]埃德蒙特·胡塞尔.现象学[M].李光荣编译.重庆出版社,2006:5.）“这些真理的全体又被我们总结归纳成少量直接的或基本的真理，即公理。”（[德]埃德蒙特·胡塞尔.现象学[M].李光荣编译.重庆出版社,2006:11.）有时又说：“从事实中永远只能推出事实。”（[德]胡塞尔.纯粹现象学通论[M].李幼蒸译.北京:商务印书馆,2009:69.）其实任何一个公理都是对具体事物的抽象。如果公理不是从事实中来，那就只能来自神的启示。

另外，“通过纯演绎程序从这类‘公理的’事态中推出事态”，得到的往往是抽象的结论，不一定有实践意义。理论意义也可以成为理论存在的理由，但理论意义是判断理论价值的派生标准，实践意义才是根本标准。

  与“纯本质科学”相反，胡塞尔说：“自然科学家却只能按照经验来进行活动，它的观察和实验行为，只能按照经验来确定事实的存在，经验活动是他一切行为的基础。所以，对自然科学家来说，事实科学和经验科学的概念是相等的。”（[德]埃德蒙特·胡塞尔.现象学[M].李光荣编译.重庆出版社,2006:8.）胡塞尔把经验科学与“纯本质科学”截然分开的观点是明显的偏见，前面说过“纯本质科学”离不开经验，同样，经验科学也离不开“纯本质方式”。任何科学都要在观察事实的基础上进行归纳和抽象，上升为理论，然后进行演绎推理，得到人们需要的结论，否则对事实的观察就毫无意义。经验科学除了需要抽象之外，还需要建立理论和模型，并且在这些理论和模型的基础上作“纯本质的”推理。

  胡塞尔说“原则上，本质科学是独立于经验科学的，但实际的情形往往相反。原因是世界上任何一种科学都未能得到充分的发展。”（[德]埃德蒙特·胡塞尔.现象学[M].李光荣编译.重庆出版社,2006:8.）本质科学不能完全独立于经验科学，并不是因为未得到充分的发展，它们在研究方法上没有本质的区别，充分发展之后它们会联系得更加紧密。