理论有两种：实证理论和规范理论。实证理论的作用是解释世界，回答“是什么”和“为什么”的问题；规范理论告诉我们应该怎样改造世界，解答“怎么办”的问题，也就是决策的问题。实证理论不能提供决策，但可以帮助我们预测，预测是决策的基础，预测的准确性提高可以使决策优化的程度提高。

实证理论包括基础理论和应用理论。每个初中学生都知道几何学有一个严密的理论体系——从一些基本的定义和公理开始，一步一步地推导出一系列的定理和推论。其他学科也是一样，也需要建立起这样的理论体系。我们的理论大厦需要一些基本的概念作为基础，很多推理都要用到这些基本概念，生命、系统、反馈等都是这样的基本概念。大多数学科的理论体系都没有那么完整，科学家们每天在做的工作就是不断完善这些理论体系。

但是现在多数科学家的成果都是在修缮大厦的上层部分，对于基础理论的修缮工作进展比较慢，所以国家通过各种措施鼓励基础理论研究。基础理论如果有错误，会导致应用理论出现一系列的错误，而基础理论的变革会带来应用理论的一系列变革。例如牛顿定律、达尔文进化论、马克思的剩余价值理论都是基础理论，对科学的发展和社会的发展产生了巨大的影响。

著名科学家钱学森曾提出建立系统学的任务，并作出了可贵的探索，但到现在为止，系统学还没有建立起来。后来又有了非线性系统理论、复杂系统理论、自组织理论和广义进化等新学科，其实这些理论所研究的内容都是大同小异，而且都一直举步维艰。我非常希望我的研究能在这方面起到积极的推动作用。我们日常见到的非线性系统、复杂系统和自组织系统主要就是生物和社会组织，所以研究这些理论主要就是研究生物和社会组织，这些内容主要应该从系统学的角度进行研究。（闵家胤，进化的多元论——系统哲学的新体系[M].中国社会科学出版社，1999：274，376-378.）

所以，系统学应该以系统的结构为主要研究对象，用结构的差异来解释不同系统的差异，结构决定功能。现代系统科学的研究成果已经向我们展现了这种研究的重要意义，尤其是对非生物系统、生物系统和社会系统的结构研究表明，它们的共性和个性与它们结构上的特征有非常关键的联系。进一步的结构研究，尤其是反馈结构的研究可以解开生命之谜，可以找到社会发展的规律，可以用一条线把非生物进化、生物进化和社会系统的进化联系起来。

过去大家都希望分子生物学可以帮助人们理解生命的本质，然而，在分子生物学革命之后的很长一段时间，主流哲学家和生物学家们似乎完全忽视了生命本质的问题。从20世纪50年代以后，生物学家和哲学家几乎都避而不谈这个问题。生物学家感到这个问题太“哲学”，因而把它当作是一个哲学问题，不是一个科学问题。另一方面，哲学家可能感到这个问题“太科学”，因此把它主要看作是—个科学问题，而不是一个哲学问题。（李建会.与真理为友：现代科学的哲学追思[M].上海科技教育出版社，2002：19，30-37.）

那么生命本质的问题到底是科学问题还是哲学问题呢？我认为生命本质的问题是系统问题。它是科学问题，但不属于生物学；它是哲学问题，但不属于本体论、认识论和辩证法。