太极进化主义与马克思主义有密切的联系。从理论体系上说，马克思主义和太极进化主义都以哲学理论为龙头，但都不以哲学为主体。马克思主义以政治经济学和科学社会主义为主体，太极进化主义以系统论、生命哲学、广义进化理论、未来学和社会组织学为主体，这些与政治经济学和科学社会主义理论一样都是解释和预测世界发展方向的理论。在哲学理论当中，太极进化主义的元伦理学是对历史唯物主义的继承和发展，太极进化主义的本体论是对辩证唯物主义的继承和改造，太极进化主义的辩证逻辑和认识论也从马克思主义的辩证法和认识论当中吸取了很多营养。马克思主义的自然辩证法与太极进化主义的系统论研究的题目基本相同。另一方面，太极进化主义与马克思主义在很多理论上有明确的分歧。

太极进化主义的理论基础除了马克思主义之外，主要是现代西方自然科学和社会科学理论，包括老三论、新三论、广义进化理论、谜米理论、符号学、组织行为学、博弈论、人工智能理论和近现代各种西方哲学、伦理学等理论。